讲述的是中学时期的故事。Free男子游泳部动画全集主要讲述小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，悠闲度日的高中生少年七濑遥，突然有一天遇到他小学时代的游泳社的伙伴松冈凛。凛一边怀旧的同时向遥提出挑战，结果凛将遥压倒性击败。以此为契机，遥决定跟高中同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜以及经理松冈江成立岩鸢高中的游泳部。充满跃动感的男子高中生，展开了这个关于游泳,青春与羁绊的物语。